Genç bir FBI ajanı, diğer bir ajanı gözetlemekle görevlendirilir. Ancak çok geçmeden kendini paranormal ve açıklanamayan olayları araştırırken bulur.

Yayın: 10 Eylül 1993

Uzaylı teknolojisiyle yapılmış bir uçak uçurmuş ihtimali olan test pilotu ortadan kaybolur. Mulder ve Scully gerçekleri ortaya çıkarmak için kendi hükûmetlerine meydan okumalıdır.

Yayın: 17 Eylül 1993

Mulder ve Scully, her 30 yolda bir cinayet çılgınlığını devam ettiren insanı andıran bir katil ararlar.

Yayın: 24 Eylül 1993

Mulder çocukken yaşadığı bir “karşılaşma” ile yakından eşleşen bir vakayı çözmeyi takıntı haline getirir.

Yayın: 1 Ekim 1993

Mulder ve Scully, kırk yılı aşkın bir süredir New Jersey kırsalında dolaşan efsanevi bir yaratığı takip eder.

Yayın: 8 Ekim 1993

Mulder ve Scully güçlü bir psikokinetik güç tarafından öldürüldüğüne inanılan iki adamın ölümlerini araştırır.

Yayın: 22 Ekim 1993

Cadılar Bayramı'nda Mulder ve Scully, düşünen bir bilgisayar tarafından öldürülmüş olabilecek bir şirket yöneticisinin ölümünü araştırır.

Yayın: 29 Ekim 1993

Mulder ve Scully, Alaska'da uzak bir bölgede konuşlanmış bir genofizik ekibinin parazitik bir uzaylı yaşam formu tarafından öldürülmesini araştırmak için gönderilir.

Yayın: 5 Kasım 1993

Bir uzay mekiği görevi sabote edildiğinde, Mulder bunun eski bir Gemini astronotunun vücudunda yaşayan kötü bir dünya dışı ruhun işi olabileceğinden şüphelenir.

Yayın: 12 Kasım 1993

Gizli Dosyalar projesinin geleceği, Mulder'ın hükûmet tarafından örtbas edilmiş gizli bir UFO kazasının yaşandığı yere sızmasıyla tehlikeye girer.

Yayın: 19 Kasım 1993

Mulder ve Scully, babaları aynı şekilde öldürüldükten sonra kaybolan iki kızı ararlar.

Yayın: 10 Aralık 1993

Mulder ve Scully, pirokinetik güçlere sahip bir adamın İngiliz aristokrasisinin üyelerinin peşine düşmesinin ardından Scotland Yard'dan bir müfettiş ile güçlerini birleştirir.

Yayın: 17 Aralık 1993

Scully, idam cezasına çarptırılmış bir mahkumunun psişik tahminlerinin bir kısır katili yakalamanın tek umudu olduğuna inanır.

Yayın: 7 Ocak 1994

Cinsiyeti değiştirebilen dini bir mezhep üyesi, gerçekleşen seri cinayetlerde asıl şüpheli hâline gelir.

Yayın: 21 Ocak 1994

Tehlikeli bir suçlunun bilinci, aynı zamanda Scully’nin eski erkek arkadaşı olan bir FBI ajanını ele geçirir.

Yayın: 4 Şubat 1994

Yıllar önce hapishanede öldüğüne inanılan bir suçlunun, Mulder'la çözmesi gereken bir kan davası vardır.

Yayın: 11 Şubat 1994

Mulder ve Scully, hükûmetin yabancı bir yaşam formunun gizli taşınmasının izlerinin üzerine gittiklerinde, kendilerini bitmek bilmeyen bir yanlış bilgilendirme sürecinde bulurlar.

Yayın: 18 Şubat 1994

Ajanlar, oğlu bir dokunuşla iyileşme ve öldürme gücüne sahip bir adam tarafından yönetilen bir bakanlığı araştırır.

Yayın: 18 Mart 1994

Ajanlar, bir Kızılderili efsanesinde geçen kurt benzeri bir yaratığın peşine düşer.

Yayın: 1 Nisan 1994

Uzak bir ormanda çalışan bir grup keresteci, kurbanlarını felç edip kozalayan binlerce ölümcül böcek benzeri yaratığı ortaya çıkarır.

Yayın: 15 Nisan 1994

Mulder'ın hapsedilmesine yardım ettiği Eugene Tooms şartlı tahliye ile serbest bırakılır.

Yayın: 22 Nisan 1994

Sekiz yaşında bir kız, bir dizi tuhaf, ilk bakışta bağlantısız duran ölümlerde baş şüpheli haline gelir.

Yayın: 29 Nisan 1994

Bir havacılık araştırma laboratuvarında bulunan en iyi bilim adamlarının gizemli şekilde ölmesiyle, ajanlar, zihinsel engelli bir hademenin bir şekilde suçlu olabileceğinden şüphelenir.

Yayın: 6 Mayıs 1994

Derin Gırtlak, Mulder'ı kaçak biri ve dünya dışı virüslerin çoğaltılmasıyla ilgili bir vakaya yönlendirir.

Yayın: 13 Mayıs 1994